AT4G04910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AAA-type ATPase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
N-ethylmaleimide sensitive factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
N-ethylmaleimide sensitive factor (NSF); FUNCTIONS IN: protein binding; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Aspartate decarboxylase-like fold (InterPro:IPR009010), Cell division protein 48, CDC48, domain 2 (InterPro:IPR004201), ATPase, AAA-type, VAT, N-terminal (InterPro:IPR003338); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cell division cycle 48 (TAIR:AT3G09840.1); Has 30539 Blast hits to 27448 proteins in 3106 species: Archae - 1540; Bacteria - 10808; Metazoa - 4854; Fungi - 3637; Plants - 2891; Viruses - 27; Other Eukaryotes - 6782 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:2489696..2495666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 81492.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 742 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGRYGSQVM TMTVTNTPSA DLAFTNLAYC SSSDLRQFSV PGSDLFLANV ADSFILSLCG HGSIRDGNIA LNAIQRRHAR VSTGDMVSVS RFVPPENFDL 101: AMLTLELEFV KKGTKSEQVD AALLSTQLKR KYTNQVLTVG QKATFEYHGT NYILTVNRAD VEGQDHTNGI ERGLLSKDTY IVFEASNASG IKIVNQREAA 201: SSNIFKHKEF NLESLGIGGL GAEFADIFRR AFASRVFPPH VTSRLGIKHV KGMLLFGPPG TGKTLMARQI GKMLNGKDPK IVNGPEVLSK FVGETEKNVR 301: DLFADAEQDQ RTLGDASELH VIIFDEIDAI CKSRGSTRDG TGVHDSIVNQ LLTKIDGVEA LNNVLLIGMT NRKDLLDEAL LRPGRLEVQV EISLPDEAGR 401: LQILQIHTNK MKENSFLGTD INLQELAART KNYSGAELEG VVKSATSYAL NRQLSMDDLT KPVEEENIKI TMEDFLHAIY EVQPAFGAST DDLERCRLNG 501: MVDCGHRHNH IYKRAMLLVE QVKVSTRSPL VTCLLEGPSG SGKTALAATI GIDSDFPYVK IVSAETMIGL SESTKCAHIV KVFEDAYKSP MSIIILDDIE 601: RLLEFIAIGP RFSNIISQTL MVLLKRLPPK GKKLLVFGTT SEVTFLESVG ISDCFSVTHS VPTLQKEDAK KVLNQLNLFS EDDVDSAAEA LNDMPIKKIY 701: MLIEMAAQGE NGGSAEAIYA GREKININHF YDCLGDFIRF TG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)