AT3G53020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L24e family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RPL24B encodes ribosomal protein L24, homolog of cytosolic RPL24, found in archaea and higher eukaryotes. Arabidopsis has two RPL24 homologs, RPL24A (AT2G36620) and RPL24B. Mutants showed defects in apical-basal gynoecium patterning similar to previously described ett and mp mutants. Transformation of stv1-1 mutant with a uORF-eliminated ETT construct partially suppressed the stv1 gynoecium phenotype, implying that STV1 could influence ETT translation through its uORFs. Regulated by TCP20. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SHORT VALVE1 (STV1); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: auxin mediated signaling pathway, gynoecium development, translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, nucleolus; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L24e (InterPro:IPR000988); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein L24 (TAIR:AT2G36620.1); Has 1463 Blast hits to 1456 proteins in 346 species: Archae - 110; Bacteria - 20; Metazoa - 460; Fungi - 300; Plants - 340; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 233 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19660749..19661912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18633.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 163 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLKTELCRF SGQKIYPGRG IRFIRSDSQV FLFLNSKCKR YFHNKLKPSK LAWTAMYRKQ HKKDAAQEAV KRRRRATKKP YSRSIVGATL EVIQKKRAEK 101: PEVRDAAREA ALREIKERIK KTKDEKKAKK VEFASKQQKV KANFPKAAAA SKGPKVGGGG GKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)