AT1G04170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : eukaryotic translation initiation factor 2 gamma subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
protein synthesis initiation factor eIF2 gamma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
eukaryotic translation initiation factor 2 gamma subunit (EIF2 GAMMA); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2 (InterPro:IPR004161), Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal (InterPro:IPR015256), Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal (InterPro:IPR009001), Protein synthesis factor, GTP-binding (InterPro:IPR000795), Translation elongation/initiation factor/Ribosomal, beta-barrel (InterPro:IPR009000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma family protein (TAIR:AT4G18330.2); Has 29259 Blast hits to 29225 proteins in 6532 species: Archae - 651; Bacteria - 17093; Metazoa - 4832; Fungi - 574; Plants - 965; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5144 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1097423..1099702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50856.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 465 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRNKGLAEQ DLKKLDVTVL HPLSPEVISR QATINIGTIG HVAHGKSTVV KAISGVQTVR FKNELERNIT IKLGYANAKI YKCEDEKCPR PMCYKAYGSG 101: KEDTPNCDVP GFENSKMKLL RHVSFVDCPG HDILMATMLN GAAIMDGALL LIAANETCPQ PQTSEHLAAV EIMQLKHIII LQNKIDLIQE NVAINQHEAI 201: QKFIMNTVAD AAPIVPVSAQ LKYNIDVVCE YIVKKIPIPE RNFVSPPNMI VIRSFDVNKP GYEVDEIKGG VAGGSILRGV LRVNQLIEIR PGIVTKDERG 301: NSKCTPIYSR IISLYAEQNE LQFAVPGGLI GVGTTMDPTL TRADRLVGQV LGEIGSLPDV FVELEVNFFL LRRLLGVRTK GSEKQGKVSK LTKGEILMLN 401: IGSMSTGAKV VGVKVDLAKL QLTAPVCTSK GEKVALSRRV EKHWRLIGWG QIQAGTTIEV PPSPF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)