AT3G25520.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein L5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes ribosomal protein L5 that binds to 5S ribosomal RNA and in involved in its export from the nucleus to the cytoplasm. Identified in a screen for enhancers of as1. as1/pgy double mutants show defects in leaf vascular patterning and adaxial cell fate. Double mutant analysis indicates pgy genes function in the same pathway as REV, KAN1 and KAN2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein L5 (ATL5); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, 5S rRNA binding; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: in 10 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L5, eukaryotic (InterPro:IPR005485), Ribosomal protein L18/L5 (InterPro:IPR005484); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein L5 B (TAIR:AT5G39740.2); Has 1450 Blast hits to 1449 proteins in 545 species: Archae - 345; Bacteria - 5; Metazoa - 620; Fungi - 157; Plants - 121; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 202 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:9269573..9271327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34359.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 301 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVFVKSTKSN AYFKRYQVKF RRRRDGKTDY RARIRLINQD KNKYNTPKYR FVVRFTNKDI VAQIVSASIA GDIVKASAYA HELPQYGLTV GLTNYAAAYC 101: TGLLLARRVL KMLEMDDEYE GNVEATGEDF SVEPTDSRRP FRALLDVGLI RTTTGNRVFG ALKGALDGGL DIPHSDKRFA GFHKENKQLD AEIHRNYIYG 201: GHVSNYMKLL GEDEPEKLQT HFSAYIKKGV EAESIEELYK KVHAAIRADP NPKKTVKPAP KQHKRYNLKK LTYEERKNKL IERVKALNGA GGDDDDEDDE 301: E |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)