AT2G25980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.517 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Mannose-binding lectin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Mannose-binding lectin superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: jacalin lectin family protein (TAIR:AT1G33790.1); Has 1842 Blast hits to 680 proteins in 37 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 1834; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11077718..11079642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48981.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 449 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQRLEAKGG KGGNQWDDGA DHENVTKIHV RGGLEGIQFI KFEYVKAGQT VVGPIHGVSG KGFTQTFEIN HLNGEHVVSV KGCYDNISGV IQALQFETNQ 101: RSSEVMGYDD TGTKFTLEIS GNKITGFHGS ADANLKSLGA YFTPPPPIKQ EYQGGTGGSP WDHGIYTGIR KVYVTFSPVS ISHIKVDYDK DGKVETRQDG 201: DMLGENRVQG QPNEFVVDYP YEYITSIEVT CDKVSGNTNR VRSLSFKTSK DRTSPTYGRK SERTFVFESK GRALVGLHGR CCWAIDALGA HFGAPPIPPP 301: PPTEKLQGSG GDGGESWDDG AFDGVRKIYV GQGENGIASV KFVYDKNNQL VLGEEHGKHT LLGYEEFELD YPSEYITAVE GYYDKVFGSE SSVIVMLKFK 401: TNKRTSPPYG MDAGVSFILG KEGHKVVGFH GKASPELYQI GVTVAPITK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)