AT5G15200.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S4; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S4 (InterPro:IPR001912), Ribosomal protein S4, conserved site (InterPro:IPR018079), Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005710), RNA-binding S4 (InterPro:IPR002942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S4 (TAIR:AT5G39850.1); Has 5786 Blast hits to 5783 proteins in 2880 species: Archae - 264; Bacteria - 571; Metazoa - 422; Fungi - 281; Plants - 3526; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 722 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4935124..4936334 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23037.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 198 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVHVCYYRNY GKTFKGPRRP YEKERLDSEL KLVGEYGLRN KRELWRVQYS LSRIRNAARD LLTLDEKSPR RIFEGEALLR RMNRYGLLDE SQNKLDYVLA 101: LTVENFLERR LQTIVFKSGM AKSIHHSRVL IRQRHIRVGK QLVNIPSFMV RLDSQKHIDF ALTSPFGGGR PGRVKRRNEK SASKKASGGG DADGDDEE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)