AT4G10450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L6 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L6 family; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, rRNA binding; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L6 (InterPro:IPR000702), Ribosomal protein L6, alpha-beta domain (InterPro:IPR020040), Ribosomal protein L6, conserved site-2 (InterPro:IPR002359); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L6 family (TAIR:AT1G33140.1); Has 2629 Blast hits to 2626 proteins in 920 species: Archae - 312; Bacteria - 1081; Metazoa - 421; Fungi - 181; Plants - 347; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 287 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6463201..6464458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21974.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 194 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKTILSSETM DIPDGVAIKV NAKVIEVEGP RGKLTRDFKH LNLDFQLIKD QVTGKRQLKI DSWFGSRKTS ASIRTALSHV DNLIAGVTQG FLYRMRFVYA 101: HFPINASIDG NNKSIEIRNF LGEKKVRKVE MLDGVKIVRS EKVKDEIILE GNDIELVSRS CALINQKCHV KKKDIRKFLD GIYVSEKGKI AVEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)