AT4G12600.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein; FUNCTIONS IN: RNA binding; INVOLVED IN: ribosome biogenesis; LOCATED IN: ribonucleoprotein complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2, eukaryote (InterPro:IPR002415), Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family (InterPro:IPR018492), Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 (InterPro:IPR004038), Ribosomal protein L7Ae conserved site (InterPro:IPR004037); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein (TAIR:AT5G20160.1); Has 1766 Blast hits to 1766 proteins in 400 species: Archae - 342; Bacteria - 0; Metazoa - 560; Fungi - 254; Plants - 271; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:7453296..7454208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14000.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 128 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTVEGVNPKA YPLADSQLSI TILDLVQQAT NYKQLKKGAN EATKTLNRGI SEFIVMAADT EPLEILLHLP LLAEDKNVPY VFVPSKQALG RACDVTRPVI 101: ACSVTSNEAS QLKSQIQHLK DAIEKLLI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)