AT2G20490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nucleolar RNA-binding Nop10p family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NOP10; FUNCTIONS IN: RNA binding; INVOLVED IN: polar nucleus fusion; LOCATED IN: nucleolus, Cajal body; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 (InterPro:IPR007264); Has 388 Blast hits to 388 proteins in 192 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 133; Fungi - 120; Plants - 61; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 74 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8831897..8832723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 7391.92 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 64 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MYLQCYINEK GEKVYTTKKE SPLGLATESA HPARFSPDDK YSKQRVLLKK RFGLLPTQNA PLQY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)