AT3G44750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone deacetylase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a histone deacetylase. Controls the development of adaxial/abaxial leaf polarity. Two lines with RNAi-directed against this gene show reduced Agrobacterium-mediated DNA transformation of the roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone deacetylase 3 (HDA3); FUNCTIONS IN: histone deacetylase activity, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: DNA mediated transformation, polarity specification of adaxial/abaxial axis; LOCATED IN: nucleolus; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone deacetylase 2B (TAIR:AT5G22650.1); Has 5980 Blast hits to 4690 proteins in 449 species: Archae - 12; Bacteria - 394; Metazoa - 2639; Fungi - 927; Plants - 442; Viruses - 82; Other Eukaryotes - 1484 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16298045..16299585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26373.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 245 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFWGIEVKS GKPVTVTPEE GILIHVSQAS LGECKNKKGE FVPLHVKVGN QNLVLGTLST ENIPQLFCDL VFDKEFELSH TWGKGSVYFV GYKTPNIEPQ 101: GYSEEEEEEE EEVPAGNAAK AVAKPKAKPA EVKPAVDDEE DESDSDGMDE DDSDGEDSEE EEPTPKKPAS SKKRANETTP KAPVSAKKAK VAVTPQKTDE 201: KKKGGKAANQ SPKSASQVSC GSCKKTFNSG NALESHNKAK HAAAK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)