AT1G52930.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal RNA processing Brix domain protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal RNA processing Brix domain protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Brix domain (InterPro:IPR007109); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal RNA processing Brix domain protein (TAIR:AT3G15460.1); Has 418 Blast hits to 416 proteins in 206 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 126; Fungi - 137; Plants - 66; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 89 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19711261..19713103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36698.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 320 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRKRKHSET EAPAPVKKSD EPAPDRPKRT LLGWKDKSEG EAEKAKALTS SGFKNKEKVL VTCSRRISFR YRSLMLNIVS LLPHCKKDSK VEAKSSKGAT 101: LNELIELKNS NSCLFFECRK HKDLYMWMVK SPNGPSVKFL VKAVHAMEEM KLTGNHLKGS RPLLTFSSNF DKDAHWKLLK EMLTQVFGIP KEHRKSKPYH 201: DHVFVFSIVD EHIWFRNYQI SVPHNESDKI AKGGLDKMTL IEVGPRFCLN PIKIFAGSFG GPTLYENPLY VSPNQIRALE KRNKAGKFAK KIKAKTRKKM 301: HELSNPLEPD EFADMWKDDE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)