AT2G34260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transducin family protein / WD-40 repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
transducin family protein / WD-40 repeat family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; LOCATED IN: CUL4 RING ubiquitin ligase complex, heterotrimeric G-protein complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD repeat protein 55 (InterPro:IPR017422), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT2G43770.1); Has 21772 Blast hits to 13043 proteins in 620 species: Archae - 50; Bacteria - 4645; Metazoa - 7300; Fungi - 4653; Plants - 2070; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3054 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:14465899..14468416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38427.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIDLGANAF GIDFHPSTNL VAAGLIDGHL HLYRYDSDSS LVRERKVRAH KESCRAVRFI DDGQRIVTAS ADCSILATDV ETGAQVAHLE NAHEDAVNTL 101: INVTETTIAS GDDKGCVKIW DTRQRSCSHE FNAHEDYISG MTFASDSMKL VVTSGDGTLS VCNLRTSKVQ SQSEFSEDEL LSVVIMKNGR KVICGTQNGT 201: LLLYSWGFFK DCSDRFVDLA PNSVDALLKL DEDRLITGCD NGIISLVGIL PNRIIQPIGS HDYPIEDLAL SHDKKFLGST AHDSMLKLWN LEEILEGSNV 301: NSGNASGAAE DSDSDNDGMD LDNDPSKSSK GSKRKTKSKA NTLNATNNFF ADL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)