AT2G27530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L1p/L10e family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes ribosomal protein L10aP. Identified in a screen for enhancers of as1. as1/pgy double mutants show defects in leaf vascular patterning and adaxial cell fate. Double mutant analysis indicates pgy genes function in the same pathway as REV, KAN1 and KAN2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PIGGYBACK1 (PGY1); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding; INVOLVED IN: adaxial/abaxial pattern formation, post-embryonic organ development, translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L1 (InterPro:IPR002143), Ribosomal protein L1, 2-layer alpha/beta-sandwich (InterPro:IPR016094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L1p/L10e family (TAIR:AT1G08360.1); Has 3883 Blast hits to 3882 proteins in 1276 species: Archae - 280; Bacteria - 1809; Metazoa - 457; Fungi - 188; Plants - 511; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 638 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11763443..11764570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24426.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 216 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKLQSEAVR EAITTIKGKS EEKKRNFVET VELQIGLKNY DPQKDKRFSG SVKLPHIPRP KMKICMLGDA QHVEEAEKMG LSNMDVEALK KLNKNKKLVK 101: KLAKSYHAFL ASESVIKQIP RLLGPGLNKA GKFPTLVSHQ ESLEAKVNET KATVKFQLKK VLCMGVAVGN LSMEEKQLFQ NVQMSVNFLV SLLKKNWQNV 201: RCLYLKSTMG PPQRIF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)