AT1G15930.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to salt stress, translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S12e (InterPro:IPR000530), Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 (InterPro:IPR004038); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein (TAIR:AT2G32060.2); Has 1044 Blast hits to 1044 proteins in 336 species: Archae - 248; Bacteria - 0; Metazoa - 315; Fungi - 181; Plants - 131; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 169 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5471702..5472741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15377.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 144 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGDEAAPVV VPPPVAEPAA IPEDMDLMTA LELTLRKARA YGGVVRGLHE CAKLIEKRVA QLVVLAEDCN QPDYVKLVKA LCADHEVRLL TVPSAKTLGE 101: WAGLCKIDSE GNARKVVGCS CLVVKDFGEE TTALSIVNKH IASQ |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)