AT3G11940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein 5A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
One of two genes encoding the ribosomal protein S5. Mutants have semi-dominant developmental phenotypes. Most cell-division processes are delayed or disturbed in the heterozygous mutant, and development is completely arrested at an early embryonic stage in the homozygous mutant. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein 5A (RPS5A); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S7, conserved site (InterPro:IPR020606), Ribosomal protein S7, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005716), Ribosomal protein S7 (InterPro:IPR000235); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein 5B (TAIR:AT2G37270.2); Has 8664 Blast hits to 8664 proteins in 3504 species: Archae - 243; Bacteria - 4586; Metazoa - 986; Fungi - 184; Plants - 1132; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1533 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3778175..3779354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22922.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 207 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATAADVDAE IQQALTNEVK LFNRWTYDDV TVTDISLVDY IGVQAAKHAT FVPHTAGRYS VKRFRKAQCP IVERLTNSLM MHGRNNGKKL MAVRIVKHAM 101: EIIHLLSDLN PIQVIIDAIV NSGPREDATR IGSAGVVRRQ AVDISPLRRV NQAIFLITTG AREAAFRNIK TIAECLADEL INAAKGSSNS YAIKKKDEIE 201: RVAKANR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)