AT3G09200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L10 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L10 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, copper ion binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein 60S (InterPro:IPR001813), Ribosomal protein L10 (InterPro:IPR001790); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L10 family protein (TAIR:AT3G11250.1); Has 1610 Blast hits to 1607 proteins in 477 species: Archae - 322; Bacteria - 1; Metazoa - 504; Fungi - 287; Plants - 176; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 320 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2823364..2825020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34135.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 320 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKATKAEKK IAYDTKLCQL IDEYTQILVV AADNVGSTQL QNIRKGLRGD SVVLMGKNTM MKRSVRIHSE NTGNTAILNL LPLLQGNVGL IFTKGDLKEV 101: SEEVAKYKVG APARVGLVAP IDVVVQPGNT GLDPSQTSFF QVLNIPTKIN KGTVEIITPV ELIKQGDKVG SSEAALLAKL GIRPFSYGLV VQSVYDNGSV 201: FSPEVLDLTE DQLVEKFASG ISMVTSLALA VSYPTLAAAP HMFINAYKNA LAIAVATEYT FPQAEKVKEY LKDPSKFAVA SVAAVSADAG GGAPAAAKVE 301: EKEESDEEDY GGDFGLFDEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)