AT5G20290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S8e family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S8e family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S8e (InterPro:IPR001047), Ribosomal protein S8e, conserved site (InterPro:IPR018283), Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2= (InterPro:IPR022309); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S8e family protein (TAIR:AT5G59240.1); Has 1084 Blast hits to 1080 proteins in 433 species: Archae - 252; Bacteria - 1; Metazoa - 368; Fungi - 161; Plants - 120; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 182 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6851695..6853012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24995.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 222 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGISRDSIHK RRATGGKQKQ WRKKRKYEMG RQPANTKLSS NKTVRRIRVR GGNVKWRALR LDTGNYSWGS EATTRKTRVL DVVYNASNNE LVRTKTLVKS 101: AIVQVDAAPF KQWYLSHYGV ELGRKKKSAS STKKDGEEGE EAAVAAPEEV KKSNHLLRKI ASRQEGRSLD SHIEDQFASG RLLACISSRP GQCGRADGYI 201: LEGKELEFYM KKIQKKKGKG AA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)