AT5G10360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S6e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RPS6A and RPS6B are fully redundant and essential during gametogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 3010 (EMB3010); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: growth, translation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S6e (InterPro:IPR001377), Ribosomal protein S6, eukaryotic (InterPro:IPR014401), Ribosomal protein S6e, conserved site (InterPro:IPR018282); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein S6 (TAIR:AT4G31700.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3258734..3260142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28163.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 249 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFNVANPTT GCQKKLEIDD DQKLRAFFDK RLSQEVSGDA LGEEFKGYVF KIMGGCDKQG FPMKQGVLTP GRVRLLLHRG TPCFRGHGRR TGERRRKSVR 101: GCIVSPDLSV LNLVIVKKGV SDLPGLTDTE KPRMRGPKRA SKIRKLFNLG KEDDVRKYVN TYRRTFTNKK GKKVSKAPKI QRLVTPLTLQ RKRARIADKK 201: KRIAKANSDA ADYQKLLASR LKEQRDRRSE SLAKKRSRLS SAPAKPVAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)