AT1G04270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytosolic ribosomal protein S15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cytosolic ribosomal protein S15. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytosolic ribosomal protein S15 (RPS15); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S15, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005713), Ribosomal protein S19/S15 (InterPro:IPR002222), Ribosomal protein S19 conserved site (InterPro:IPR020934); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S19 family protein (TAIR:AT5G09510.1); Has 8033 Blast hits to 8033 proteins in 2978 species: Archae - 257; Bacteria - 3802; Metazoa - 279; Fungi - 238; Plants - 1557; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1900 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1141852..1142960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17130.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 152 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADVEPEVAA AGVPKKRTFK KFAFKGVDLD ALLDMSTDDL VKLFSSRIRR RFSRGLTRKP MALIKKLRKA KREAPQGEKP EPVRTHLRNM IIVPEMIGSI 101: IGVYNGKTFN QVEIKPEMIG HYLAEFSISY KPVKHGRPGV GATHSSRFIP LK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)