AT1G22780.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S13/S18 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
S18 ribosomal protein involved in the binding of f-Met tRNA during initiation of mRNA translation. Expression restricted to meristems. Mutant phenotype-pointed first leaves,reduced fresh weight, growth retardation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
POINTED FIRST LEAVES (PFL); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: translational initiation, translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, ribosome, small ribosomal subunit, cell wall, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S13-like, H2TH (InterPro:IPR010979), Ribosomal protein S13, conserved site (InterPro:IPR018269), Ribosomal protein S13 (InterPro:IPR001892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S18 ribosomal protein (TAIR:AT4G09800.1); Has 7956 Blast hits to 7953 proteins in 2911 species: Archae - 236; Bacteria - 5065; Metazoa - 352; Fungi - 176; Plants - 401; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1726 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8067990..8069163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17546.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 152 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLVANEEFQ HILRVLNTNV DGKQKIMFAL TSIKGIGRRL ANIVCKKADV DMNKRAGELS AAEIDNLMTI VANPRQFKIP DWFLNRQKDY KDGKYSQVVS 101: NALDMKLRDD LERLKKIRNH RGLRHYWGLR VRGQHTKTTG RRGKTVGVSK KR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)