AT3G62120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Class II aaRS and biotin synthetases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Class II aaRS and biotin synthetases superfamily protein; FUNCTIONS IN: proline-tRNA ligase activity, aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: prolyl-tRNA aminoacylation, translation, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ H/ P/ S), conserved domain (InterPro:IPR002314), Prolyl-tRNA synthetase, class IIa, prokaryotic-type (InterPro:IPR004499), Prolyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal (InterPro:IPR016061), Anticodon-binding (InterPro:IPR004154), Prolyl-tRNA synthetase, class II (InterPro:IPR017449), Prolyl-tRNA synthetase, class IIa, conserved region (InterPro:IPR002316), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Class II aaRS and biotin synthetases superfamily protein (TAIR:AT5G52520.1); Has 9240 Blast hits to 8990 proteins in 2633 species: Archae - 270; Bacteria - 6522; Metazoa - 295; Fungi - 194; Plants - 105; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1854 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23001227..23003849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60758.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 530 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADPSEQKEK VVKEKKEKVK KEKVVKEKVA KASSSGQKKK DVKKETGLGL SVKKDENFGE WYSEVCKQDM IEYYDISGCY ILRPWSMAIW EIMQIFFDAE 101: IKKMKVKNCY FPLFVSPGVL EKEKDHIEGF APEVAWVTKS GKSDLEVPIA IRPTSETVMY PYYSKWIRGH RDLPLKLNQW CNVVRWEFSN PTPFIRSREF 201: LWQEGHTAFA TKAEADEEVL QILELYRRIY EEYLAVPVVK GMKSENEKFA GGLYTTSVEA FIPNTGRGVQ GATSHCLGQN FAKMFEINFE NEKAETEMVW 301: QNSWAYSTRT IGVMIMTHGD DKGLVLPPKV ASVQVVVIPV PYKDANTQGI YDACTATASA LCEAGIRAEE DLRDNYSPGW KYSDWEMKGV PLRIEIGPRD 401: LENDQVRTVR RDNGVKEDIP RGSLVEHVKE LLEKIQQNMY EVAKQKREAC VQEVKTWDEF IKALNEKKLI LAPWCDEEEV ERDVKARTKG ETGAAKTLCS 501: PFDQPELPEG TLCFASGKPA KKWTYWGRSY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)