AT1G61580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : R-protein L3 B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
R-protein L3 B (RPL3B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L3 (InterPro:IPR000597), Ribosomal protein L3, conserved site (InterPro:IPR019926), Translation elongation/initiation factor/Ribosomal, beta-barrel (InterPro:IPR009000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein 1 (TAIR:AT1G43170.8); Has 2774 Blast hits to 2767 proteins in 966 species: Archae - 329; Bacteria - 1185; Metazoa - 455; Fungi - 168; Plants - 207; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 429 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22720833..22722402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44548.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 390 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSHRKFEHPR HGSLGFLPRK RASRHRGKVK AFPKDDPTKP CRLTSFLGYK AGMTHIVRDV EKPGSKLHKK ETCEAVTIIE TPPMVVVGVV GYVKTPRGLR 101: SLCTVWAQHL SEELRRRFYK NWAKSKKKAF TRYSKKHETE EGKKDIQSQL EKMKKYCSVI RVLAHTQIRK MKGLKQKKAH LNEIQINGGD IAKKVDYACS 201: LFEKQVPVDA IFQKDEMIDI IGVTKGKGYE GVVTRWGVTR LPRKTHRGLR KVACIGAWHP ARVSYTVARA GQNGYHHRTE MNKKVYRVGK VGQETHSAMT 301: EYDRTEKDIT PMGGFPHYGI VKEDYLMIKG CCVGPKKRVV TLRQTLLKQT SRLAMEEIKL KFIDAASNGG HGRFQTSQEK AKFYGRTIKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)