AT3G04770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 40s ribosomal protein SA B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
40s ribosomal protein SA B (RPSAb); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S2 (InterPro:IPR001865), Ribosomal protein S2, conserved site (InterPro:IPR018130), Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005707); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 40s ribosomal protein SA (TAIR:AT1G72370.1); Has 3452 Blast hits to 3450 proteins in 1205 species: Archae - 263; Bacteria - 1638; Metazoa - 562; Fungi - 334; Plants - 225; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 430 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1309465..1310846 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37302.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAANGVATAG RQVSEKEADI QMMLSADVHL GTKNCNYQME RYVFKRRDDG IYIINLGKTW DKLQMAARVI VAIENPKDII VQSARPYGQR AVLKFAQYTG 101: VNAIAGRHTP GTFTNQMQTS FSEPRLLILT DPRTDHQPIK EGALGNIPTI AFCDTDSPMG FVDIGIPANN KGKHSIGCLF WLLARMVLQM RGTILAAQKW 201: DVMVNSRNTI RTCVSPTPDK DLDLFLLCRW ICFSTGSPKK QSKRVMKKLK YRPIMEWLVV TSGPLLKYLM LHGLVKSNSQ FLLHLQLALP LLLDGRLLLF 301: QLLVGSKSSL ISLARTRLDV DLIFLFSRFG ED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)