AT2G27840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone deacetylase-related / HD-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Belongs to the plant specific HD2 type proteins; similar to nucleolar Zea mays histone deacetylase; HD2-p39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HDT4; FUNCTIONS IN: histone deacetylase activity; INVOLVED IN: production of siRNA involved in RNA interference; LOCATED IN: nucleolus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone deacetylase 3 (TAIR:AT3G44750.2); Has 818 Blast hits to 747 proteins in 183 species: Archae - 0; Bacteria - 171; Metazoa - 199; Fungi - 55; Plants - 177; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 199 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:11862085..11863707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22652.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 203 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFWGIEIKP GKPFKVIQKD GFMVHASQVT LGDVEKVKKD ETFAVYVKIG DDENGFMIGN LSQKFPQFSI DLYLGHEFEI SHNSTSSVYL IGYRTFDAFD 101: ELDEEIDSDS ELDEYMEQQI AALPQNEINP EEDDESDSDE MGLDEDDDSS DEEDVEAEAP LKVAPPSKKM PNGAFEIAKG GKKNKSSGGK KRCPFPCGPS 201: CKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)