AT5G08180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.966 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein; FUNCTIONS IN: RNA binding; LOCATED IN: nucleolus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2, eukaryote (InterPro:IPR002415), Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family (InterPro:IPR018492), Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 (InterPro:IPR004038); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein (TAIR:AT5G20160.1); Has 2065 Blast hits to 2065 proteins in 412 species: Archae - 342; Bacteria - 0; Metazoa - 661; Fungi - 409; Plants - 241; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 412 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2631843..2633374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16949.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 156 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSDTEAEKS IQKEKKKYAI TLAPIAKPLA GKKLQKRTFK LIQKAAGKKC LKRGVKEVVK SIRRGQKGLC VIAGNISPID VITHLPILCE EAGVPYVYVP 101: SKEDLAQAGA TKRPTCCVLV MLKPAKGDLT AEELAKLKTD YEQVSDDIKE LATSVI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)