AT4G31700.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein S6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative ribosomal protein S6 (rps6a). RPS6A and RPS6B are fully redundant and essential during gametogenesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein S6 (RPS6); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: growth, translation; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S6e (InterPro:IPR001377), Ribosomal protein S6, eukaryotic (InterPro:IPR014401); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S6e (TAIR:AT5G10360.1); Has 1159 Blast hits to 1155 proteins in 426 species: Archae - 247; Bacteria - 0; Metazoa - 418; Fungi - 171; Plants - 143; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 180 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:15346306..15347714 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28368.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFNVANPTT GCQKKLEIDD DQKLRAFYDK RISQEVSGDA LGEEFKGYVF KIKGGCDKQG FPMKQGVLTP GRVRLLLHRG TPCFRGHGRR TGERRRKSVR 101: GCIVSPDLSV LNLVIVKKGE NDLPGLTDTE KPRMRGPKRA SKIRKLFNLK KEDDVRTYVN TYRRKFTNKK GKEVSKAPKI QRLVTPLTLQ RKRARIADKK 201: KKIAKANSDA ADYQKLLASR LKEQRDRRSE SLAKKRSRLS SAAAKPSVTA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)