AT3G56190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha-soluble NSF attachment protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of two alpha-SNAPs (soluble NSF attachment protein) in Arabidopsis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alpha-soluble NSF attachment protein 2 (ALPHA-SNAP2); FUNCTIONS IN: soluble NSF attachment protein activity, binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: male gametophyte, cultured cell, pollen tube, leaf; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NSF attachment protein (InterPro:IPR000744), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha-soluble NSF attachment protein 1 (TAIR:AT3G56450.1); Has 1132 Blast hits to 1050 proteins in 284 species: Archae - 29; Bacteria - 93; Metazoa - 509; Fungi - 163; Plants - 164; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 163 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20846119..20848356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32756.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDHLVRAEE FEKKAEKKLN GWGIFGSKYE DAADLLEKAA NSYKLAKSWD QAGKAYLKLA DCHLKSDSKH DAANAYAEAA KCYKKVDTNE AASCLERAVN 101: IFCEIGRLNM AARYYKEIAE YYESDQKFEQ AIAYFEKAAE FFQNEEVTTS ANQCNLKVAQ YAAQLEQYEK AIKIYEDIAR HSLNNNLLKY GVKGHLLTAG 201: MCHLCKADVV SITNALEKYQ DLDPTFTGTR ECKFLADLAS AIDEEDIAKF TDVVKEFDSM TPLDSWKTTM LLRVKEKLKA KELEEDDLT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)