AT5G27470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : seryl-tRNA synthetase / serine--tRNA ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
seryl-tRNA synthetase / serine--tRNA ligase; FUNCTIONS IN: serine-tRNA ligase activity, aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, seryl-tRNA aminoacylation; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: tRNA-binding arm (InterPro:IPR010978), Seryl-tRNA synthetase, class IIa, N-terminal (InterPro:IPR015866), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ H/ P/ S), conserved domain (InterPro:IPR002314), Seryl-tRNA synthetase, class IIa (InterPro:IPR002317), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195), Seryl-tRNA synthetase, class IIa, C-terminal (InterPro:IPR018156); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Seryl-tRNA synthetase (TAIR:AT1G11870.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9695087..9697154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51631.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 451 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLDINLFREE KGNNPEIIRE SQRRRFASVE IVDEIIKLDK EWRQRQFEVD SFRKEFNKLN KQVAQLKIKK EDASEIIQQT EKNKQDSTAK EAEVREAYAA 101: LKAKLEQVGN LVHDSVPVDK DEANNLVIKL WGEKRFSTPG LKLKNHVDLV ELLGIADTKR GAEIAGARGF FLKGDGLMLN QALINFGLTF LKKRGFTGLQ 201: PPFFMRKDVM AKCAQLAQFD EELYKVTGEG DDKYLIATAE QPLCAYHIDE WIHPTELPLR YAGYSSCFRK EAGSHGRDTL GIFRVHQFEK IEQFCITGPN 301: ENASWEMLDE MMKNSEDFYQ ALKLPYQIVS IVSGALNDAA AKKYDLEAWF PSSETFRELV SCSNCTDYQA RRLEIRYGQK KSNEQTKQYV HMLNSTLTAT 401: ERTICCILEN YQREDGVDIP EVLQPFMGGE TFLPFKAKPV VADTKGKKSK A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)