AT3G11710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lysyl-tRNA synthetase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
lysyl-tRNA synthetase 1 (ATKRS-1); FUNCTIONS IN: ATP binding, lysine-tRNA ligase activity; INVOLVED IN: lysyl-tRNA aminoacylation, translation, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) (InterPro:IPR004364), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N)-like (InterPro:IPR018150), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365), Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal (InterPro:IPR018149), Lysyl-tRNA synthetase, class II (InterPro:IPR002313), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Lysyl-tRNA synthetase, class II (TAIR:AT3G13490.1); Has 24040 Blast hits to 20328 proteins in 2969 species: Archae - 380; Bacteria - 16623; Metazoa - 629; Fungi - 774; Plants - 209; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5425 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3702359..3705613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70891.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 626 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGAADQTTK ALSELAMDSS TTLNAAESSA GDGAGPRSKN ALKKEQKMKQ KEEEKRRKDE EKAEKAKQAP KASSQKAVAA DDEEMDATQY YENRLKYLAA 101: EKAKGENPYP HKFAVSMSIP KYIETYGSLN NGDHVENAEE SLAGRIMSKR SSSSKLFFYD LHGDDFKVQV MADASKSGLD EAEFLKLHSN AKRGDIVGVI 201: GFPGKTKRGE LSIFPRSFIL LSHCLHMMPR KADNVNAKKP EIWVPGQTRN PEAYVLKDQE SRYRQRHLDM ILNVEVRQIF RTRAKIISYV RRFLDNKNFL 301: EVETPMMNMI AGGAAARPFV THHNDLDMRL YMRIAPELYL KQLIVGGLER VYEIGKQFRN EGIDLTHNPE FTTCEFYMAF ADYNDLMEMT EVMLSGMVKE 401: LTGGYKIKYN ANGYDKDPIE IDFTPPFRRI EMIGELEKVA KLNIPKDLAS EEANKYLIDA CARFDVKCPP PQTTARLLDK LVGEFLEPTC VNPTFIINQP 501: EIMSPLAKWH RSKSGLTERF ELFINKHELC NAYTELNDPV VQRQRFADQL KDRQSGDDEA MALDETFCNA LEYGLAPTGG WGLGIDRLSM LLTDSLNIKE 601: VLFFPAMRPP QEESAAAQAP LTEEKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)