AT1G30580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GTP binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GTP binding; FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF933 (InterPro:IPR013029), TGS-like (InterPro:IPR012676), GTP1/OBG (InterPro:IPR006073), Conserved hypothetical protein CHP00092 (InterPro:IPR004396), GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917), Beta-grasp fold, ferredoxin-type (InterPro:IPR012675); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP-binding protein-related (TAIR:AT1G56050.1); Has 19150 Blast hits to 19146 proteins in 3028 species: Archae - 362; Bacteria - 11244; Metazoa - 716; Fungi - 612; Plants - 292; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5924 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10831953..10835454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44473.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 394 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPPKAKAKDA GPVERPILGR FSSHLKIGIV GLPNVGKSTL FNTLTKLSIP AENFPFCTIE PNEARVNIPD ERFDWLCQTY KPKSEIPAFL EIHDIAGLVR 101: GAHEGQGLGN NFLSHIRAVD GIFHVLRAFE DADIIHVDDI VDPVRDLETI TEELRLKDIE FVGKKIDDVE KSMKRSNDKQ LKIELELLQK VKAWLEDGKD 201: VRFGDWKTAD IEILNTFQLL SAKPVVYLIN LNERDYQRKK NKFLPKIHAW VQEHGGDTMI PFSGVFERSL ADMAPDEAAK YCEENKLQSA LPRIIKTGFS 301: AINLIYFFTA GPDEVKCWQI RRQSKAPQAA GAIHTDFERG FICAEVMKFE DLKELGNEPA VKAAGKYRQE GKTYVVQDGD IIFFKFNVSG GGKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)