AT2G40290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1; FUNCTIONS IN: RNA binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Ribosomal protein S1, RNA-binding domain (InterPro:IPR003029), Eukaryotic translation initiation factor 2, alpha subunit (InterPro:IPR011488); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit (TAIR:AT5G05470.1); Has 4919 Blast hits to 4230 proteins in 1696 species: Archae - 235; Bacteria - 3462; Metazoa - 170; Fungi - 142; Plants - 94; Viruses - 32; Other Eukaryotes - 784 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16829030..16830889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38749.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASQTPNLEC RMYEAKYPEV DMAVMIQVKN IADMGAYVSL LEYNNIEGMI LFSELSRRRI RSVSSLIKVG RIEPVMVLRV DKEKGYIDLS KRRVSEEDIQ 101: TCEERYNKSK LVHSIMRHVA ETLSIDLEDL YVNIGWPLYR RHGHAFEAFK ILVTDPDSVL GPLTREIKEV GPDGQEVTKV VPAVTEEVKD ALVKNIRRRM 201: TPQPMKIRAD IELKCFQFDG VVHIKEAMKN AEAAGNEDCP VKIKLVAPPL YVLTTQTLDK EQGIEILNKA IAACTETIET HKGKLVVKEG ARAVSERDEK 301: MLTEHMAKLR LDNEEMSGDE DSGDEEEDTG MGEVDLDAGA GIIE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)