AT5G05470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
protein synthesis initiation factor eIF2 alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit (EIF2 ALPHA); FUNCTIONS IN: RNA binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: eukaryotic translation initiation factor 2 complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Ribosomal protein S1, RNA-binding domain (InterPro:IPR003029), Eukaryotic translation initiation factor 2, alpha subunit (InterPro:IPR011488); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 (TAIR:AT2G40290.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1620579..1622214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38802.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANPAPNLEC RMYESRYPDV DMAVMIQVKT IADMGAYVSL LEYNNIEGMI LFSELSRRRI RSISSLIKVG RTEPVMVLRV DRERGYIDLS KRRVSDEDKE 101: ACEERYNKSK LVHSIMRHVA ETVGVDLEEL YVNIGWPLYK KHGHAFEAFK IVVTDPDSVF DALTREVKET GPDGVEVTKV VPAVSEELKD AFLKDIRRRM 201: TPQPMKIRAD IELKCFQFDG VLHIKEAMKK AEAVGTDDCP VKIKLVAPPL YVLTTHTHYK EKGIVTLNKA IEACITAIEE HKGKLVVKEG ARAVSERDDK 301: LLAEHMAKLR MDNEEMSGDE GSEDEEEDTG MGEVDIDGGS GIIE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)