AT1G43860.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.947 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : sequence-specific DNA binding transcription factors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sequence-specific DNA binding transcription factors; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosome maturation protein SBDS, C-terminal (InterPro:IPR018978), Ribosome maturation protein SBDS (InterPro:IPR002140), Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal (InterPro:IPR019783), Ribosome maturation protein SBDS, conserved site (InterPro:IPR018023); Has 1053 Blast hits to 1042 proteins in 349 species: Archae - 219; Bacteria - 2; Metazoa - 264; Fungi - 287; Plants - 65; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 216 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:16622244..16624385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42233.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 370 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKTLVQPVG QKRLTNVAVV RLKKQGNRFE IACYKNKVLS WRSGVEKDID EVLQSHTVYS NVSKGVLAKS KDLMKSFGSD DHTKICIDIL EKGELQVAGK 101: ERESQFSSQF RDIATIVMQK TINPETQRPY TISMVERLMH EIHFAVDPHS NSKKQALDVI RELQKHFPIK RSPMRLRLTV PVQNFPSLLE KLKEWDGSVV 201: SKDESGTQMS TVCEMEPGLF RECDSHVRSI QGRLEILAVS VHAEGDTSMD HYDEHDDMAL QTHKPLLPAE TETKDLTDPV VELSKKLQKQ EISTTDNIKQ 301: EGGEEKKGTK CSTCNTFVGE AKQYREHCKS DWHKHNLKRK TRKLPPISAD ECMSEIDMDD SRADLKDYSF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)