AT1G04820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tubulin alpha-4 chain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an alpha tubulin isoform that is expressed in roots, leaves and flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubulin alpha-4 chain (TUA4); FUNCTIONS IN: structural constituent of cytoskeleton; INVOLVED IN: response to cadmium ion, microtubule-based process, cellular response to gravity; LOCATED IN: tubulin complex, cytosol, cell wall, plasma membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Alpha tubulin (InterPro:IPR002452), Tubulin (InterPro:IPR000217), Tubulin/FtsZ, GTPase domain (InterPro:IPR003008), Tubulin/FtsZ, N-terminal (InterPro:IPR019746), Tubulin/FtsZ, C-terminal (InterPro:IPR008280), Tubulin, conserved site (InterPro:IPR017975), Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain (InterPro:IPR018316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubulin alpha-2 chain (TAIR:AT1G50010.1); Has 22626 Blast hits to 22529 proteins in 4679 species: Archae - 4; Bacteria - 25; Metazoa - 4391; Fungi - 13400; Plants - 1532; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3274 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1356421..1358266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49543.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 450 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRECISIHIG QAGIQVGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TVGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHPE QLISGKEDAA 101: NNFARGHYTI GKEIVDLCLD RIRKLADNCT GLQGFLVFNA VGGGTGSGLG SLLLERLSVD YGKKSKLGFT VYPSPQVSTS VVEPYNSVLS THSLLEHTDV 201: SILLDNEAIY DICRRSLSIE RPTYTNLNRL VSQVISSLTA SLRFDGALNV DVTEFQTNLV PYPRIHFMLS SYAPVISAEK AFHEQLSVAE ITNSAFEPAS 301: MMAKCDPRHG KYMACCLMYR GDVVPKDVNA AVGTIKTKRT IQFVDWCPTG FKCGINYQPP TVVPGGDLAK VQRAVCMISN STSVAEVFSR IDHKFDLMYA 401: KRAFVHWYVG EGMEEGEFSE AREDLAALEK DYEEVGAEGG DDEDDEGEEY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)