AT5G02870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L4/L1 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L4/L1 family; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L4/L1e (InterPro:IPR002136), Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site (InterPro:IPR013000); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L4/L1 family (TAIR:AT3G09630.1); Has 1138 Blast hits to 1137 proteins in 402 species: Archae - 316; Bacteria - 12; Metazoa - 270; Fungi - 177; Plants - 117; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 246 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:657830..659526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44724.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 407 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVASAAARPL VTVQGLDGDM STDQSTTVTL PDVMTAPVRP DIVNFVHAQI SNNSRQPYAV SKKAGHQTSA ESWGTGRAVS RIPRVPGGGT HRAGQAAFGN 101: MCRGGRMFAP TKIWRRWHRR VNVNMKRHAI VSAIAATAVP ALVMARGHKI ENVPEMPLVV SDSAEAVEKT SAAIKVLKQI GAYDDAEKAK NSIGIRPGKG 201: KMRNRRYISR KGPLVVFGTE GAKIVKAFRN LPGVELCHVE RLNLLKLAPG GHLGRFVIWT KSAFEKLESI YGSFEKPSEK KKGYVLPRAK MVNADLARII 301: NSDEVQSVVN PIKDGSKRAV LKKNPLKNLN VMFKLNPYAK TAKRMSLLAE ASRVKAKKEK LEKKRKVVTK EEAQAIKAAG KAWYQTMISD SDYTEFDNFT 401: KWLGASQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)