AT4G03330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP12 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 123 (SYP123); FUNCTIONS IN: SNAP receptor activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, cellular membrane fusion; LOCATED IN: membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 124 (TAIR:AT1G61290.1); Has 2500 Blast hits to 2498 proteins in 284 species: Archae - 5; Bacteria - 43; Metazoa - 1157; Fungi - 460; Plants - 475; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 360 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1466525..1467605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34485.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 305 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNDLISSSFK RYTDLNHQVQ LDDIESQNVS LDSGNLDEFF GYVESVKEDM KAVDEIHKRL QDANEESKTV HDSKAVKKLR ARMDSSVTEV LKRVKMIKTK 101: LVALEKSNAA QRKVAGCGPG SSADRTRTSV VSGLGKKLKD MMDDFQRLRT KMATEYKETV ERRYFTVTGQ KADEETVEKL ISSGESERFL QKAIQEQGRG 201: QVMDTLSEIQ ERHDTVKEIE RSLLELHQVF LDMAALVEAQ GNMLNDIESN VSKASSFVMR GTDQLHGAKV LQRNNRKWAC IATILAIVVV IVILFPILFN 301: TLLRP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)