AT3G01290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: mitochondrion, plasma membrane, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Band 7 protein (InterPro:IPR001107); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SPFH/Band 7/PHB domain-containing membrane-associated protein family (TAIR:AT5G62740.1); Has 7523 Blast hits to 7522 proteins in 1968 species: Archae - 210; Bacteria - 4831; Metazoa - 573; Fungi - 279; Plants - 280; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1347 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:88252..89356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31322.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 285 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNLFCCVLV KQSDVAVKER FGKFQKVLNP GLQFVPWVIG DYVAGTLTLR LQQLDVQCET KTKDNVFVTV VASIQYRVLA DKASDAFYRL SNPTTQIKAY 101: VFDVIRACVP KLNLDDVFEQ KNEIAKSVEE ELDKAMTAYG YEILQTLIID IEPDQQVKRA MNEINAAARM RVAASEKAEA EKIIQIKRAE GEAESKYLSG 201: LGIARQRQAI VDGLRDSVLG FAGNVPGTSA KDVLDMVMMT QYFDTMRDIG ATSKSSAVFI PHGPGAVSDV AAQIRNGLLQ ANNAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)