AT3G11820.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a syntaxin localized at the plasma membrane (SYR1, Syntaxin Related Protein 1, also known as SYP121, PENETRATION1/PEN1). SYR1/PEN1 is a member of the SNARE superfamily proteins. SNARE proteins are involved in cell signaling, vesicle traffic, growth and development. SYR1/PEN1 functions in positioning anchoring of the KAT1 K+ channel protein at the plasma membrane. Transcription is upregulated by abscisic acid, suggesting a role in ABA signaling. Also functions in non-host resistance against barley powdery mildew, Blumeria graminis sp. hordei. SYR1/PEN1 is a nonessential component of the preinvasive resistance against Colletotrichum fungus. Required for mlo resistance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 121 (SYP121); FUNCTIONS IN: protein anchor, SNAP receptor activity; INVOLVED IN: in 13 processes; LOCATED IN: SNARE complex, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 124 (TAIR:AT1G61290.1); Has 2385 Blast hits to 2376 proteins in 301 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 1106; Fungi - 480; Plants - 466; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 327 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3729540..3730868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37959.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNDLFSSSFS RFRSGEPSPR RDVAGGGDGV QMANPAGSTG GVNLDKFFED VESVKEELKE LDRLNETLSS CHEQSKTLHN AKAVKDLRSK MDGDVGVALK 101: KAKMIKVKLE ALDRANAANR SLPGCGPGSS SDRTRTSVLN GLRKKLMDSM DSFNRLRELI SSEYRETVQR RYFTVTGENP DERTLDRLIS TGESERFLQK 201: AIQEQGRGRV LDTINEIQER HDAVKDIEKN LRELHQVFLD MAVLVEHQGA QLDDIESHVG RASSFIRGGT DQLQTARVYQ KNTRKWTCIA IIILIIIITV 301: VVLAVLKPWN NSSGGGGGGG GGGTTGGSQP NSGTPPNPPQ ARRLLR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)