AT1G79590.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of 24 Arabidopsis syntaxins. Its mRNA has been shown to be expressed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 52 (SYP52); FUNCTIONS IN: SNAP receptor activity; INVOLVED IN: vesicle-mediated transport; LOCATED IN: endosome membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 51 (TAIR:AT1G16240.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29947064..29948304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 26109.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 233 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSDPWMR EYNEALKLSE DINGMMSERN ASGLTGPDAQ RRASAIRRKI TILGTRLDSL QSLLVKVPGK QHVSEKEMNR RKDMVGNLRS KTNQVASALN 101: MSNFANRDSL FGTDLKPDDA INRVSGMDNQ GIVVFQRQVM REQDEGLEKL EETVMSTKHI ALAVNEELTL QTRLIDDLDY DVDITDSRLR RVQKSLALMN 201: KSMKSGCSCM SMLLSVLGIV GLALVIWLLV KYL |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)