AT4G17170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog B1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of RAB gene family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog B1C (RABB1C); FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: ER to Golgi vesicle-mediated transport, pollen sperm cell differentiation, cell growth; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP-binding 2 (TAIR:AT4G35860.1); Has 27116 Blast hits to 27043 proteins in 734 species: Archae - 17; Bacteria - 131; Metazoa - 14131; Fungi - 4055; Plants - 2966; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 5796 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9644908..9646220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23165.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 211 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSYAYLFKYI IIGDTGVGKS CLLLQFTDKR FQPVHDLTIG VEFGARMITI DNKPIKLQIW DTAGQESFRS ITRSYYRGAA GALLVYDITR RETFNHLASW 101: LEDARQHANA NMTIMLIGNK CDLAHRRAVS TEEGEQFAKE HGLIFMEASA KTAQNVEEAF IKTAATIYKK IQDGVFDVSN ESYGIKVGYG GIPGPSGGRD 201: GSTSQGGGCC G |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)