AT1G49300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog G3E | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a small GTPase involved in membrane trafficking. Gene expression is induced by hydrogen peroxide and lines. Lines overexpressing the gene are more tolerant to high salt and hyperosmotic conditions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog G3E (RABG3E); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to salt stress; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog G3F (TAIR:AT3G18820.1); Has 26432 Blast hits to 26400 proteins in 770 species: Archae - 38; Bacteria - 194; Metazoa - 13526; Fungi - 3963; Plants - 2941; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 5750 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18234842..18236968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22981.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 206 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSRRRTLLK VIILGDSGVG KTSLMNQYVN KKFSNQYKAT IGADFLTKEV QFEDRLFTLQ IWDTAGQERF QSLGVAFYRG ADCCVLVYDV NSAKSFEDLN 101: NWREEFLIQA SPSDPENFPF VVIGNKIDVD GGSSRVVSEK KARAWCASKG NIPYYETSAK VGTNVEDAFL CITTNAMKSG EEEEMYLPDT IDVGTSNPQR 201: STGCEC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)