AT1G08930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.857 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a putative sucrose transporter whose gene expression is induced by dehydration and cold. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EARLY RESPONSE TO DEHYDRATION 6 (ERD6); FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity, sugar transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: response to water deprivation, response to salt stress, response to cold, response to chitin, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 30 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ERD (early response to dehydration) six-like 1 (TAIR:AT1G08920.1); Has 27777 Blast hits to 27182 proteins in 2058 species: Archae - 500; Bacteria - 11725; Metazoa - 4936; Fungi - 6599; Plants - 2746; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1271 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2873604..2876979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54358.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 496 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERQKSMEKG LLRKSLSIRE RKFPNEDAFL ESGLSRKSPR EVKKPQNDDG ECRVTASVFL STFVAVSGSF CTGCGVGFSS GAQAGITKDL SLSVAEYSMF 101: GSILTLGGLI GAVFSGKVAD VLGRKRTMLF CEFFCITGWL CVALAQNAMW LDCGRLLLGI GVGIFSYVIP VYIAEIAPKH VRGSFVFANQ LMQNCGISLF 201: FIIGNFIPWR LLTVVGLVPC VFHVFCLFFI PESPRWLAKL GRDKECRSSL QRLRGSDVDI SREANTIRDT IDMTENGGET KMSELFQRRY AYPLIIGVGL 301: MFLQQLCGSS GVTYYASSLF NKGGFPSAIG TSVIATIMVP KAMLATVLVD KMGRRTLLMA SCSAMGLSAL LLSVSYGFQS FGILPELTPI FTCIGVLGHI 401: VSFAMGMGGL PWIIMAEIFP MNVKVSAGTL VTVTNWLFGW IITYTFNFML EWNASGMFLI FSMVSASSIV FIYFLVPETK GRSLEEIQAL LNNSVQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)