AT2G30250.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : WRKY DNA-binding protein 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of WRKY Transcription Factor; Group I. Located in nucleus. Involved in response to various abiotic stresses - especially salt stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WRKY DNA-binding protein 25 (WRKY25); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WRKY DNA-binding protein 26 (TAIR:AT5G07100.1); Has 5787 Blast hits to 3061 proteins in 192 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 5747; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 40 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12903553..12905089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44135.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 393 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSTSFTDLL GSSGVDCYED DEDLRVSGSS FGGYYPERTG SGLPKFKTAQ PPPLPISQSS HNFTFSDYLD SPLLLSSSHS LISPTTGTFP LQGFNGTTNN 101: HSDFPWQLQS QPSNASSALQ ETYGVQDHEK KQEMIPNEIA TQNNNQSFGT ERQIKIPAYM VSRNSNDGYG WRKYGQKQVK KSENPRSYFK CTYPDCVSKK 201: IVETASDGQI TEIIYKGGHN HPKPEFTKRP SQSSLPSSVN GRRLFNPASV VSEPHDQSEN SSISFDYSDL EQKSFKSEYG EIDEEEEQPE MKRMKREGED 301: EGMSIEVSKG VKEPRVVVQT ISDIDVLIDG FRWRKYGQKV VKGNTNPRSY YKCTFQGCGV KKQVERSAAD ERAVLTTYEG RHNHDIPTAL RRS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)