AT4G14365.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.991 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : XB3 ortholog 4 in Arabidopsis thaliana | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
XB3 ortholog 4 in Arabidopsis thaliana (XBAT34); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: XB3 ortholog 5 in Arabidopsis thaliana (TAIR:AT3G23280.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8271660..8273685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41385.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 376 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGQQQSQSKD EMLFQEVSNN NVEGIKSLHH EGAGLEGVDK LGRTPLILAC TNDDLYDVAK TLLELGSNVN AYRSGCNGGT PLHHAAKRGL VHTVKLLLSH 101: GANPLVLDDD VKTALEVARD EGYSNVVRAI ESHICLFSGC MREYSGSSLL NLFAPQLLSR KVWVVVVPTG SRNPTKPLKL ELVLYDSIQD AQPRMVIPLW 201: KANLEEPKSF RCDDSVMIID DSRSPKSMRQ RRESGFISQA RRWAQVDRQI RLKLAAEIKG DMKQMNWFSE ACKGVPQPMN PPRFMKTSQA TTTTTNVPAL 301: SDDALTRVAM SLPSPKTANK EDGLCVICVD APSEAVCVPC GHVAGCISCL KEIENKKMGC PVCRANIDQV IKLYHV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)