AT2G45220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain (InterPro:IPR006633), Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT5G51490.1); Has 2773 Blast hits to 2723 proteins in 340 species: Archae - 10; Bacteria - 616; Metazoa - 1; Fungi - 203; Plants - 1907; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 36 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18644281..18646394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55979.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 511 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMAFRAYIIN FVILCILVAS TVSGYNQKDV KAWCSQTPNP KPCEYFLTHN SNNEPIKSES EFLKISMKLV LDRAILAKTH AFTLGPKCRD TREKAAWEDC 101: IKLYDLTVSK INETMDPNVK CSKLDAQTWL STALTNLDTC RAGFLELGVT DIVLPLMSNN VSNLLCNTLA INKVPFNYTP PEKDGFPSWV KPGDRKLLQS 201: STPKDNAVVA KDGSGNFKTI KEAIDAASGS GRFVIYVKQG VYSENLEIRK KNVMLRGDGI GKTIITGSKS VGGGTTTFNS ATVAAVGDGF IARGITFRNT 301: AGASNEQAVA LRSGSDLSVF YQCSFEAYQD TLYVHSNRQF YRDCDVYGTV DFIFGNAAAV LQNCNIFARR PRSKTNTITA QGRSDPNQNT GIIIHNSRVT 401: AASDLRPVLG STKTYLGRPW RQYSRTVFMK TSLDSLIDPR GWLEWDGNFA LKTLFYAEFQ NTGPGASTSG RVTWPGFRVL GSASEASKFT VGTFLAGGSW 501: IPSSVPFTSG L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)