AT1G17880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic transcription factor 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
basic transcription factor 3 (BTF3); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nascent polypeptide-associated complex NAC (InterPro:IPR002715); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nascent polypeptide-associated complex NAC (TAIR:AT1G73230.1); Has 841 Blast hits to 841 proteins in 250 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 427; Fungi - 178; Plants - 145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6152572..6153425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17947.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 165 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNREKLMKMA NTVRTGGKGT VRRKKKAVHK TNTTDDKRLQ STLKRIGVNS IPAIEEVNIF KDDVVIQFIN PKVQASIAAN TWVVSGSPQT KKLQDILPQI 101: ISQLGPDNMD NLKKLAEQFQ KQASGEGNAA SATIQEEDDD DVPELVGETF ETAAEEKAPA AAASS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)