AT1G18540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L6 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L6 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L6, N-terminal (InterPro:IPR005568), Ribosomal protein L6E (InterPro:IPR000915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L6 family protein (TAIR:AT1G74050.1); Has 758 Blast hits to 758 proteins in 286 species: Archae - 33; Bacteria - 0; Metazoa - 332; Fungi - 149; Plants - 117; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 127 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6377448..6378548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26154.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 233 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPAAKRTPKV NRNPDLIRGV GKYSRSQMYH KRGLWAIKAK NGGVFPRHDA QPKVDAPVEK PAKFYPAEDV KKPLVNRRKP KPTKLKASIT PGTVLIILAG 101: RFKGKRVVFL KQLSSGLLLV TGPFKINGVP LRRVNQAYVI GTSTKIDISG VNTEKFDDKY FGKVAEKKKK KTEGEFFEAE KEEKKEIPQE KKEDQKTVDA 201: ALIKSIEAVP ELKVYLGARF SLSQGMKPHE LVF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)