AT5G39740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein L5 B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ribosomal protein RPL5B that is involved in ribosome biogenesis and plays a role in organ size control by promoting cell proliferation and preventing compensation in normal leaf development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein L5 B (RPL5B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, 5S rRNA binding; INVOLVED IN: cell proliferation, translation, ribosome biogenesis, leaf morphogenesis; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L5, eukaryotic (InterPro:IPR005485), Ribosomal protein L18/L5 (InterPro:IPR005484); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein L5 (TAIR:AT3G25520.1); Has 1454 Blast hits to 1453 proteins in 545 species: Archae - 345; Bacteria - 5; Metazoa - 622; Fungi - 159; Plants - 121; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 202 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:15903365..15905185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34438.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 301 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVFVKSSKSN AYFKRYQVKF RRRRDGKTDY RARIRLINQD KNKYNTPKYR FVVRFTNKDI VAQIVSASIA GDIVKASAYA HELPQYGLTV GLTNYAAAYC 101: TGLLLARRVL KMLEMDDEYE GNVEATGEDF SVEPTDSRRP FRALLDVGLI RTTTGNRVFG ALKGALDGGL DIPHSDKRFA GFHKENKQLD AEIHRNYIYG 201: GHVSNYMKLL GEDEPEKLQT HFSAYIKKGV EAESIEEMYK KVHAAIRAEP NHKKTEKSAP KEHKRYNLKK LTYEERKNKL IERVKALNGA GGDDDDEDDE 301: E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)