AT5G35620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic initiation factor 4E protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Cap-binding protein, binds to the 5' cap structure of nuclear-encoded mRNAs. Mutant is resistant to potyvirus infection. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LOSS OF SUSCEPTIBILITY TO POTYVIRUS 1 (LSP1); FUNCTIONS IN: RNA binding, RNA 7-methylguanosine cap binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation, response to virus; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E) (InterPro:IPR001040), Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site (InterPro:IPR019770); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: eukaryotic translation initiation factor 4E (TAIR:AT4G18040.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:13824946..13826331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22515.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 198 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATDDVNEPL PAAAELPATE AEKQPHKLER KWSFWFDNQS KKGAAWGASL RKAYTFDTVE DFWGLHETIF QTSKLTANAE IHLFKAGVEP KWEDPECANG 101: GKWTWVVTAN RKEALDKGWL ETLMALIGEQ FDEADEICGV VASVRPQSKQ DKLSLWTRTK SNEAVLMGIG KKWKEILDVT DKITFNNHDD SRRSRFTV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)