AT3G12580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : heat shock protein 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
heat shock protein 70 (HSP70); FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: in 9 processes; LOCATED IN: cytosol, mitochondrion, cell wall, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein 70, conserved site (InterPro:IPR018181), Heat shock protein Hsp70 (InterPro:IPR001023), Heat shock protein 70 (InterPro:IPR013126); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heat shock cognate protein 70-1 (TAIR:AT5G02500.1); Has 34126 Blast hits to 33731 proteins in 4830 species: Archae - 159; Bacteria - 16481; Metazoa - 3906; Fungi - 1752; Plants - 1258; Viruses - 310; Other Eukaryotes - 10260 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3991487..3993689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71105.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 650 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGKGEGPAI GIDLGTTYSC VGVWQHDRVE IIANDQGNRT TPSYVAFTDS ERLIGDAAKN QVAMNPTNTV FDAKRLIGRR YSDPSVQADK SHWPFKVVSG 101: PGEKPMIVVN HKGEEKQFSA EEISSMVLIK MREIAEAFLG SPVKNAVVTV PAYFNDSQRQ ATKDAGVISG LNVMRIINEP TAAAIAYGLD KKASSVGEKN 201: VLIFDLGGGT FDVSLLTIEE GIFEVKATAG DTHLGGEDFD NRMVNHFVQE FKRKNKKDIT GNPRALRRLR TACERAKRTL SSTAQTTIEI DSLFEGIDFY 301: TTITRARFEE LNMDLFRKCM EPVEKCLRDA KMDKSSVHDV VLVGGSTRIP KVQQLLQDFF NGKELCKSIN PDEAVAYGAA VQAAILSGEG NEKVQDLLLL 401: DVTPLSLGLE TAGGVMTVLI PRNTTIPTKK EQIFSTYSDN QPGVLIQVYE GERARTKDNN LLGKFELSGI PPAPRGVPQI TVCFDIDANG ILNVSAEDKT 501: TGQKNKITIT NDKGRLSKEE IEKMVQEAEK YKAEDEEHKK KVDAKNALEN YAYNMRNTIK DEKIASKLDA ADKKKIEDAI DQAIEWLDGN QLAEADEFED 601: KMKELESLCN PIIARMYQGA GPDMGGAGGM DDDTPAGGSG GAGPKIEEVD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)